1834
A principios de enero el velero llega al continente europeo. Tras aterrizar en Le Havre De Smet se incorpora al joven belga lo antes posible. El 6 de enero tuvo una primera entrevista con el Padre Provincial Van Lil. Dos días después, finalmente puede ver su ciudad natal, Dendermonde.
¡Qué extraña sensación estar en casa después de 14 años! Ha habido cambios mientras tanto. La silla de su padre está vacía. Su hermana mayor, Rosalie, a quien había recaído el papel de madre de la menor, está casada con Charles Van Mossevelde, y sus hermanos Charles y François han entrado en la judicatura.
De Smet visita a los familiares de los jesuitas que se quedaron en Saint-Louis. Luego se puso en contacto con muchos benefactores, Pierre de Nef de Turnhout, comerciante de vinos y fabricante de textiles, el arzobispo de Mechelen, el rector De Ram de la Universidad Católica de Lovaina, el obispo Van Bommel y Madame de Theux. Visita Namur, Mons, Tournai y Bruselas. En Enghien, un sacerdote local le puso tras la pista de una biblioteca agustiniana muy valiosa. Lo compra para la Universidad de Saint-Louis. Va a Erps-Querbs, Aarschot, Montaigu, Diest, Zandhoven y Amberes. En todas partes recibe subsidios. Luego va a Lille, Arras y Amiens. En Francia compra un laboratorio completo y una colección de minerales. Regresa a Bélgica a través de Kortrijk para volver a ver a Van Lil y profundizar en el plan de fusión. La provincia belga de los jesuitas con sus 150 religiosos encuentra todavía un poco ambicioso este plan de fusión con el lejano Missouri. De Nef, que patrocina un seminario, entretanto ha convencido a 5 reclutas, incluidos Pierre Verheyden, de Dendermonde, y Charles Huet, de Courtrai. Durante la estancia del misionero en Bélgica se ejecutó el cuadro que hoy cuelga en el museo de la ciudad de Dendermonde. Después de recolectar dinero durante nueve meses, recaudó $60,000.
Después del verano, sería hora de volver allí, pero después de toda su actividad en Europa, De Smet no ha recuperado completamente sus fuerzas. En octubre partió hacia Amberes para prepararse para su travesía. Lleva 50 cajas con ropa, material litúrgico, pinturas, libros, instrumentos y otros equipos científicos. Tras una estancia de 10 meses De Smet ve con dificultad el momento de tener que separarse nuevamente de su familia. Esta vez de nuevo no encuentra nada mejor que irse sin decírselo a nadie.
El 30 de octubre escribió una última carta a sus hermanos y hermanas y dos días después, el 1 de noviembre, partió de Amberes con sus nuevos reclutas y su preciada carga en el bergantín Agenoria rumbo a la lejana América. El 3 de noviembre, estaban frente a Vlessingue y entraron en el mar, pero frente a la costa de Kent, la tormenta estaba rugiendo y De Smet sufría un mareo tan grave que tuvo que ser desembarcado en Deal. Las náuseas fueron tan violentas que sufrió una hemorragia interna grave. ¡Él está en peligro mortal! Dos médicos se turnan para cuidarlo día y noche. El capitán del Agenoria espera dos días a que se recupere, pero cuando los médicos sugieren que su recuperación tardará al menos 14 días, el capitán decide continuar la travesía. Para los reclutas no queda más que marcharse sin Pierre-Jean, cosa que harán bajo la dirección de Verheyden. Frente a la costa de Terranova, el Agenoria perdió otro mes entero debido a los vientos desfavorables. No fue hasta el 23 de diciembre que el barco llegó sano y salvo a Nueva York.
Tan pronto como De Smet es transportable, se muda a un pueblo cercano para encontrar un alojamiento más barato. El 11 de noviembre logra caminar un poco y tres días después viaja a Londres donde es alojado por un sacerdote, Jean Nerinckx, hermano de Charles Nerinckx. Los médicos ingleses le aconsejan que no se vaya a vivir del lado duro al borde del salvajismo. De Smet deduce que su vida es un fracaso. Se deprime, pero Nerinckx logra revivir su coraje. El 24 de noviembre puede partir hacia Bélgica.
Regresó a Dendermonde donde los médicos belgas le aconsejaron una larga convalecencia. De Smet estaba tan derrotado por su debilidad que le pidió a su superior, Jean-Philippe Roothaan, que le permitiera renunciar a la orden de los jesuitas.
1835
A finales de marzo, Roothaan acepta la dimisión de De Smet. Está pensando en convertirse en sacerdote secular, pero su experiencia lo ha convertido en misionero y para el trabajo parroquial rutinario, no está en su elemento. De nuevo está un poco desanimado. El obispo de Gante lo nombró contable de un orfanato y confesor de los conventos carmelitas de Bruselas y Dendermonde. Los carmelitas de Dendermonde planean reabrir su convento en Aalst. Su convento fue cerrado en tiempos de José II. De Smet los ayudará y buscará con el Padre De Vos un edificio que les convenga. Finalmente, se compra el antiguo convento de la Anunciación (hoy Rue Haute 19), y así se restablece el convento del Carmelo en Aalst el 2 de agosto de 1836.
De Smet también permaneció en contacto epistolar con la misión de Missouri. Recauda dinero para ella. Los misioneros de Missouri se comunican a través de ella con la provincia belga de los jesuitas. Verhaegen, que sucedió a De Theux como provincial, no perdió la esperanza de unir las dos provincias. De Nef siempre fomenta la contratación de nuevos elementos. Así, el 23 de septiembre, De Smet condujo a siete jóvenes al puerto de Amberes desde donde debían emprender la travesía hacia Estados Unidos. De Smet también mantuvo correspondencia con los seminarios de Bar-le-Duc y Bréda y preparó a jóvenes seminaristas que planeaban partir hacia los Estados Unidos.
1836
De Smet se siente un poco mejor y anhela cada día más regresar a Missouri. Le pide a Roothaan que sea readmitido en la Orden. Roothaan está excepcionalmente de acuerdo, sobre todo porque en Saint-Louis hay una gran escasez de misioneros. El Papa dio a los jesuitas la responsabilidad de todas las estaciones misioneras al oeste del Mississippi y al norte de México.
En secreto, sin decírselo a su familia, De Smet prepara su nuevo comienzo. Esta vez partirá de Le Havre hacia Estados Unidos con cuatro misioneros. Uno de los reclutas es Arnold Damen. En el camino, De Smet volvió a sufrir fiebre alta, hasta el punto de que tuvo que esperar 8 días en París. Tan pronto como la fiebre cede, el pequeño grupo parte hacia Le Havre. Pero en el puerto vuelve la fiebre y al embarcar De Smet decide con gran disgusto dejar que los cuatro jóvenes se vayan solos. Pero es ahora o nunca y, in extremis, hace un esfuerzo desesperado por alcanzar el barco que acaba de salir del muelle. Le pide a un pequeño bote que lo alcance. El intento tiene éxito, De Smet aún puede ser tomado a bordo. Su suerte va en aumento, pues durante la travesía su salud mejora día a día y aún le afecta mucho menos el temido mareo.
A finales de octubre, apenas un mes después de salir de Le Havre el 26 de septiembre, apareció a la vista el puerto de Nueva York. Tres semanas más tarde, Pierre-Jean entró de nuevo en el noviciado de Florissant y el 29 de noviembre nuestro misionero fue admitido de nuevo en la orden de los jesuitas por el Padre Verhaegen, Provincial de Missouri.