1847
Wanneer Van de Velde hem als boekhouder-econoom in St.-Louis aanstelt, begint voor De Smet een nieuw maar minder avontuurlijke hoofdstuk. De Smet is diep gekwetst door de onverwachte tussenkomst van Roothaan. Eén ding staat vast, hij zal de indianen en de missies in de Rocky Mountains niet in de steek laten. Hij neemt zich voor om met verdubbelde ijver geld in te zamelen om zijn missies te bevoorraden. Om te beginnen publiceert De Smet een tweede boek over zijn missiewerk in de Rockies : Oregon Missions and Travels over the Rocky Mountains in 1845-46.
Als procurator moet pater Charles Elet om de 2 jaar naar Rome om er verslag uit te brengen. In St.-Louis hebben de jezuïeten nog steeds jonge krachten nodig. De Smet krijgt de opdracht om deze in Europa te zoeken en zodoende reist hij samen met Elet naar het oude continent.
Het is lente wanneer ze in België arriveren en na een kort bezoek aan de familie begeleidt De Smet pater Elet naar Parijs. De Smet houdt een korte retraite en daarna reist hij naar Rome. Hij heeft er een onderhoud met Roothaan.
In Europa hangt revolutie in de lucht en het is moeilijk om mensen te overtuigen om missionaris te worden, maar Charles Elet weet zijn broer Jean Antoine te bewegen om hem naar de V.S. te volgen.
Intussen blijkt de bekering van de Flathead indianen nogal oppervlakkig. Na het jachtseizoen keren ze hun nieuwe geloof massaal de rug toe. Ze zijn met name ontgoocheld over het feit dat pater Point hun geheim wapen ook aan de Blackfoot indianen geschonken heeft! Zelfs hun opperhoofd, Victor, kan de dissidente Flathead indianen niet langer naar de missionarissen doen luisteren. Pater Point is intussen naar Canada vertrokken en zodoende heeft hij zijn 1.100 bekeerde Blackfoot indianen achter moeten laten. Het missiewerk bij de indianen bereikt een absoluut dieptepunt wanneer op 29 november, in Waiilatpu, aan de oevers van de Walla Walla, de protestantse missionarissen Marcus en Narcissa Whitman samen met 11 andere inwoners van de missie door opstandige Cayuse indianen brutaal vermoord worden. De missiepost in Waiilatpu bestaat reeds 11 jaar. Henry Spalding, de protestantse zendeling bij de Nez Percé indianen, beweert dat de jezuïeten in deze zaak niet vrijuit gaan. De katholieke missionarissen zouden de indianen in Oregon gebruiken in hun strijd tegen de verspreiding van het protestantse geloof.
1848
Op 3 april vertrekken De Smet en Elet vanuit Frankrijk naar New York. Ze hebben in ieder geval 5.000 $ op zak. De weergoden boven de Noord-Atlantische oceaan zorgen nogmaals voor het nodige spektakel en de zeeziekte moeten ze erbij nemen tot ze op 5 mei in New York aan wal kunnen gaan. Daar aangekomen bereikt hen het nieuws dat Europa in rep en roer staat. Met de afzetting van Louis Philippe is in Parijs nog maar eens een revolutionaire en antiklerikale wind opgestoken die men tot in Rome, Napels, Berlijn, Wenen en Praag zal voelen. Veel priesters ontvluchten Europa.
De Smet blijft wat langer in New York om de eerste vluchtelingen op te vangen en op weg te helpen. Deze keer reist De Smet over de nieuwe waterweg naar het westen die voor een flink deel over de Grote Meren loopt. Na een bezoek aan de Niagara watervallen komt hij op 4 juli terug in St.-Louis aan. Daar blijkt Elet intussen tot vice provinciaal voor de jezuïeten van Missouri benoemd te zijn. Dat is een meevaller, want de nieuwe vice provinciaal heeft veel begrip voor het engagement van De Smet. Elet staat De Smet meteen toe om zijn belofte van 1846 na te komen en met de gevreesde Sioux indianen te gaan praten.
De Smet neemt de boot tot Bellevue (bij Council Bluffs). Ter hoogte van de monding van de Platte kan De Smet zich aansluiten bij een kleine groep AFC-ers die te paard naar de streek van de Niobrara en White rivieren trekken. Het is ontzettend heet en de karavaan is permanent door een wolk van agressieve muggen omgeven. 6 dagen lang zien ze geen levende ziel, maar aan de Niobrara rivier stoten ze op een vrij grote groep Ponca indianen. Die stellen zich eerst wat vijandig op, maar het duurt niet lang voor ze de vredespijp bovenhalen. Ze kennen de reputatie van de legendarische Zwartrok en duizend indianen luisteren aandachtig naar wat De Smet te vertellen heeft. De pelshandelaars stoppen voorlopig in fort Pierre, maar De Smet wil verder het binnenland intrekken. Hij huurt Colin Campbell in als gids en tolk en samen vertrekken ze westwaarts, naar de bronnen van de Niobrara en White rivieren. Ze volgen een pad naar de Black Hills dat parallel met de zuidelijke arm van de Cheyenne rivier loopt. De Smet trekt door de Mauvaises Terres (Badlands) in het westen van Zuid Dakota en hij beschrijft een plaats waar grote skeletten van voorhistorische dieren liggen.
25 dagen na zijn vertrek uit Bellevue komt De Smet in een kamp van Brulé en Ogallala Sioux jagers aan. Dit zijn pas echte wilden ! Ze paraderen met de scalpen van 32 pas gedode Omaha indianen. De moordpartij wordt uitvoerig gevierd. Toch probeert De Smet om deze bloeddorstige indianen op betere gedachten te brengen. Gedurende één maand geeft hij hen uitleg over de christelijke waarden. Hij heeft er zijn eerste ontmoeting met Red Fish (een opperhoofd van de Ogallala; zie 1863). Op een van hun strooptochten waren de Ogallala het land van de Crow binnengedrongen en tijdens een treffen werd de dochter van Red Fish gevangen genomen. Om ze terug te krijgen roept Red Fish de hulp van De Smet in. De Smet belooft voor haar te bidden wanneer Red Fish zijn leven betert. Een paar dagen later duikt het meisje terug in het kamp op. Op een nacht is ze door toedoen van een onbekende vrouw kunnen ontsnappen. Ze werd nog achtervolgd, maar uiteindelijk heeft ze, door 6 dagen en nachten voor haar leven te lopen, haar dorp teruggevonden. Red Fish gelooft dat De Smet voor een klein mirakel gezorgd heeft. Eind oktober verlaat De Smet de Brulé indianen met de belofte om voor een vaste missionaris te zorgen. Het is 2.400 kilometer naar St.-Louis. Hij huurt een paar paddelers en per kano vaart hij de Missouri af. Ter hoogte van Council Bluffs steekt er een stormachtige wind op. De temperatuur zakt snel en de rivier vriest dicht. De Smet klopt bij een boer aan. Die wil hem wel een kar verhuren. Zodoende bereikt hij St.-Joseph. Maar de laatste stoomboot naar St.-Louis is reeds vertrokken. Onmiddellijk zet hij de achtervolging in. Omdat er onderweg stookhout geladen moet worden, slaagt hij erin en zo komt hij weer veilig en wel in St.-Louis aan.
1849
Van de Velde krijgt een belangrijke opdracht in Chicago en Elet stelt De Smet aan als assistent vice-provinciaal en procurator. De opdracht is geen sinecuur, want St.-Louis is nu verantwoordelijk voor 200 jezuïeten, de universiteit van St.-Louis met zijn 200 studenten, het noviciaat van Florissant, de colleges van Bardstown, Louisville en Cincinnati plus nog 10 kleinere locaties. 2 jaar geleden werd de leiding van de jezuïeten van Louisiana aan de provincie van Lyon overgedragen, maar de jezuïeten van Oregon en deze van de Rocky Mountains worden nog steeds vanuit St.-Louis bestuurd (tot in 1851 Rome en later Turijn de taak overnemen).
En dan zijn er nog de missies bij de Osage en de Potawatomi in Kansas, waar 10 missionarissen werken. In het begin van de jaren 40 trokken Christiaan Hoecken en Felix Verreydt mee uit de St.-Joseph missie in Council Bluffs naar het nieuwe thuisland van de Potawatomi in Sugar Creek, ten zuiden van Westport. Daar verbleef namelijk nog een ander groepje Potawatomi onder de leiding van een Bretoense pater, een zekere Petit, die de missionarissen Badin (New Orleans) en Deseille (Brugge) opgevolgd was. De zusters van het Heilig Hart richtten er een schooltje op. In 1848 werden deze ongelukkige indianen weer verder naar het westen verdreven. Het schooltje en de missionarissen zouden volgen.
Hoecken, Duerinck, Gaillard en Dumortier richten voor hen de St.-Mary missie in Kansas op. De Smet zorgt ervoor dat de Amerikaanse regering met het beloofde geld over de brug komt. Meer naar het zuiden, in Neosho, richten de Nederlandse pater Schoenmakers en de Vlaming Bax, bij de Osage de St.-Franciscus Hieronymus missie op. Schoenmakers zal er van 1847 tot 1887 blijven. De Smet zal ook deze missies financieel steunen. Vanuit die missies zijn er contacten met de Peoria, de Miami, de Seneca, de Cree en zelfs de Sioux indianen. Bij een pokkenepidemie sterft pater Bax (33).
De Smet kan op een aantal Belgische weldoeners rekenen. Het zijn : graaf de Meeus, gravin d'Asprémont, graaf de Mérode en zelfs de hertog van Brabant (later Leopold II). Door een oordeelkundig beleid kan De Smet de financiële toestand van de provincie sterk verbeteren. In het noviciaat sluit De Smet vriendschap met een halfbloed die jezuïet wil worden. Het is pater Bouchard (zijn indiaanse naam is Watomika, de snelvoetige). Hij is de zoon van Kistalwa, een Delaware indiaan, en Marie Boucharde, een Franse die tijdens de revolutie uit de Auvergne naar de nieuwe wereld gekomen is. Bouchard zal 30 jaar in de missie van San Francisco werken en regelmatig met De Smet corresponderen.
Het is een rampjaar voor St.-Louis. Tijdens een hevige brand, gaan 27 schepen in de vlammen op en worden 500 huizen in as gelegd. En tot ovemaat van ramp breekt daarna cholera uit. De epidemie eist niet minder dan 200 slachtoffers. 1849 is ook het jaar van een totaal andere koorts. Het is de goudkoorts die voor een ware volksverhuizing zorgt. Op 2 jaar tijd trekken meer dan 80.000 kolonisten (meestal mannen) gehaast en onvoorbereid, in veel gevallen te voet naar het westen. De gevolgen blijven niet uit. Was San Francisco in 1848 nog een rustige havenstad met amper 500 inwoners, dan groeit het door de Gold Rush zo snel dat er in 1850 reeds 25.000 mensen wonen. Met de plotse stijging van de vraag ontstaat er in de gebieden die langs de westkust liggen een enorme inflatiegolf. Alle prijzen schieten de hoogte in en de missieposten in de Rockies komen in financiële problemen. Joseph Joset draagt de leiding van de missie over aan pater Michael Accolti. Roothaan stuurt De Smet opnieuw de nodige verwijten. De Smet zou tussen 1840 en 1846 een pover financieel beleid gevoerd hebben, erger nog, hij zou de gelofte van armoede niet nagekomen zijn! De Smet neemt dat niet en weerlegt de aantijging van Roothaan. Accolti heeft intussen, zonder de goedkeuring van Rome af te wachten, beslist om met enkele geestelijken in Californië goud te gaan zoeken. Wanneer Roothaan dat verneemt is hij razend.
In de buurt van de missie van St.-Mary komen elke jaar meer jagers en handelaars overwinteren. Die ruige kerels hebben een slechte invloed op de Flathead indianen. De missionarissen en de indianen vervreemden van elkaar en na het jachtseizoen beslissen de meeste Flathead indianen om St.-Mary definitief de rug toe te keren. Ze slaan hun kamp opzettelijk buiten de missiegronden op. Mengarini, noch hun opperhoofd Victor kunnen de indianen van gedacht doen veranderen.
De Hudson's Bay Company heeft fort Vancouver ontruimd. Het hoofdkwartier van de HBC bevindt zich voortaan op het eiland Vancouver, in de stad Victoria.
De Smet heeft veel last van reuma.
1850
Door de aanhoudende pijn beperkt De Smet zijn reizen tot wat voor het beheer van de vice-provincie noodzakelijk is.
St.-Louis telt 80.000 inwoners.
Accolti beslist om de eerste missie van De Smet, de reductie bij de Flathead indianen, St.-Mary aan de Bitter Root rivier, op te doeken. Op het einde van het jaar verhuist Mengarini naar de vallei van de Willamette en vertrekt Antonio Ravalli naar de Coeur d'Alêne. De jezuïeten hebben de missiegebouwen aan een zekere majoor John Owen verkocht. Owen is een indiaans agent (een lokale handelaar bij de indianen). Hij zal er een fort van maken. Mengarini, Nobili en De Vos trekken naar Californië om er een nieuwe missie op te starten (De Vos zal op 23 september 1886 in Santa Clara overlijden).